Die Artenvielfalt Nepals ist auf das extrem abwechslungsreiche Klima und die Topographie des Landes zurückzuführen. Aus diesem Grund ist Nepal mit einer großen Vielfalt an Pflanzen und Tieren gesegnet. Die Flora und Fauna Nepals umfasst etwa 868 Vogelarten, darunter den Dornohr-Taubenschwalben (Turdoides nipalensis), der nur in Nepal vorkommt (eine hilfreiche Website für nepalesische Vogelbeobachter ist www.birdlifenepal.org), mehr als 650 Schmetterlinge (sowie über 3,900 Monate) und etwa 6,500 Blütenpflanzen. Schmetterlinge (putali) schlüpfen im März und April und sind im Mai und Juni zahlreich. Mindestens sechs Schmetterlingsarten sind in Nepal heimisch. Arten sind in Nepal endemisch, d. h., man nimmt an, dass es nur in Nepal vorkommt.
Zwischen 1998 und 2008, 353 neue Arten wurden im östlichen Himalaya (Nepal, Bhutan, Nordostindien, Nordburma und Südtibet) gemeldet. Die Entdeckungen umfassen 242 Pflanzen, 16 Amphibien, 16 Reptilien, 14 Fische, zwei Vögel, zwei Säugetiere und 61 Wirbellose. Von den Vögeln Sykes-Ziegenmelker (Caprimulgus mahrattensis) wurde im Januar 2008 im Koshi Tappu Wildlife Preserve entdeckt.
Im Tiefland, wie z. Chitwan National Parksubtropische Wälder beherbergen die größte Artenvielfalt. Einige der größten Säugetiere des indischen Subkontinents sind hier zu finden, darunter das Panzernashorn (Rhinoceros unicornis) und der Tiger (Panthera tigris). Der World Wildlife Fund (WWF) schätzte kürzlich, dass es 121 erwachsene Tiger in vier Schutzgebieten des Terai.) Von den Tieflandgraslandschaften des Landes sind nur noch kleine Flächen übrig, und fast alle liegen in geschützten Waldgebieten. Sie sind für mehrere bedrohte Tiere von entscheidender Bedeutung, darunter der Sumpfhirsch, das Panzernashorn und zwei der am stärksten gefährdeten Trappen der Welt, die Bengaltrappe und die Kleine Florikantrappe.
Am anderen Ende, in Richtung der hohen Gipfel in der alpinen Zone, gibt es die geringste Artenvielfalt. Im Frühling und Sommer sind die alpinen Graslandschaften mit einem bunten Teppich aus blühenden Blumen bedeckt. Mehrere Säugetiere, wie der Bharal oder Blauschaf und Gemeines ghoral (ein Huftier, das der Ziege und der Antilope ähnelt) sind auf Hochgrasland als Weideland angewiesen. Sie sind wiederum die lebenswichtige Beute der selten beobachteten und bedrohten Schneeleopard (Panthera uncia), mit einer geschätzten Population von 300-400 Tieren in Nepal, etwa 10 % der Weltpopulation (ohne 600 in Zoos). Im Gegensatz zu Vögeln sind wilde Säugetiere (Jaanawar) in Nepal normalerweise schwer zu sehen. Viele von ihnen sind nur nachts aktiv.