Nepals artsvariasjon kan tilskrives landets ekstremt varierte klima og topografi. På grunn av dette er Nepal velsignet med et bredt utvalg av planter og dyr. Flora og fauna i Nepal har rundt 868 fuglearter, inkludert Spiny Babbler (Turdoides nipalensis), som bare finnes i Nepal (en nyttig nettside for Nepals fuglekikkere er www.birdlifenepal.org), mer enn 650 sommerfugler (samt over 3,900 måneder), og rundt 6,500 blomstrende planter. Sommerfugler (putali) dukker opp i mars og april, og blir rikelig i mai og juni. Minst seks sommerfugler arter er endemiske for Nepal, dvs. antas å finnes bare i Nepal.
Mellom 1998 og 2008, 353 nye arter ble rapportert i det østlige Himalaya (som omfatter Nepal, Bhutan, nordøstlige India, nordlige Burma og sørlige Tibet). Funnene inkluderer 242 planter, 16 amfibier, 16 krypdyr, 14 fisk, to fugler, to pattedyr og 61 virvelløse dyr. Av fuglene, Sykes' nattsjarken (Caprimulgus mahrattensis) ble oppdaget i Koshi Tappu Wildlife Preserve i januar 2008.
I lavlandet, som f.eks Chitwan nasjonalpark, subtropiske skoger støtter det største antallet arter. Noen av det indiske subkontinentets største pattedyr kan bli funnet her, inkludert den større enhornede eller indiske neshornet (Rhinoceros unicornis) og tigeren (Panthera tigris). Verdens naturfond (WWF) estimerte nylig at det finnes 121 voksne tigre i fire beskyttede områder av Terai.) Bare små områder av landets lavlandsgressletter gjenstår, og nesten alle ligger innenfor vernede skogsområder. De er essensielle for flere truede dyr, inkludert sumphjort, det større enhornede neshornet og to av verdens mest truede bustarder, Bengal og Lesser Florican.
I den andre ytterkanten mot de høye toppene i alpinsonen, som rommer det minste antallet arter. Om våren og sommeren har alpine gressletter et levende teppe av blomstrende blomster. Flere pattedyr, som f.eks bharal eller blå sauer og vanlig ghoral (en jeg spiker hovdyr som ligner geit og antilope), er avhengig av høye gressletter for beite. På sin side er de det livsviktige byttet til de sjelden sett og truet snøleopard (Panthera uncia), med en estimert nepalsk befolkning på 300-400, omtrent 10 % av verdens befolkning (ikke inkludert 600 i dyrehager). I motsetning til fugler er ville pattedyr (jaanawar) vanligvis vanskelig å se i Nepal. Mange av dem er bare aktive om natten.