Różnorodność gatunków w Nepalu można przypisać niezwykle zróżnicowanemu klimatowi i topografii kraju. Z tego powodu Nepal jest błogosławiony szeroką gamą roślin i zwierząt. Flora i fauna Nepalu obejmuje około 868 gatunków ptaków, w tym kolczastą babbler (Turdoides nipalensis), występującą tylko w Nepalu (przydatną stroną internetową dla nepalskich obserwatorów ptaków jest www.birdlifenepal.org), ponad 650 motyli (a także ponad 3,900 miesięcy) i około 6,500 roślin kwitnących. Motyle (putali) pojawiają się w marcu i kwietniu, stając się liczne w maju i czerwcu. Co najmniej sześć motyli gatunki są endemiczne dla Nepalu, tj. uważa się, że występuje wyłącznie w Nepalu.
Między 1998 a 2008, 353 nowych gatunków odnotowano w Himalajach Wschodnich (obejmujących Nepal, Bhutan, północno-wschodnie Indie, północną Birmę i południowy Tybet). Odkrycia obejmują 242 rośliny, 16 płazów, 16 gadów, 14 ryb, dwa ptaki, dwa ssaki i 61 bezkręgowców. Spośród ptaków Lelek Sykesa (Caprimulgus mahrattensis) odkryto w rezerwacie dzikiej przyrody Koshi Tappu w styczniu 2008 roku.
Na terenach nizinnych, takich jak: Park Narodowy Chitwan, lasy subtropikalne są siedliskiem największej liczby gatunków. Można tu spotkać niektóre z największych ssaków subkontynentu indyjskiego, w tym większego nosorożca jednorożnego (Rhinoceros unicornis) i tygrysa (Panthera tigris). World Wildlife Fund (WWF) niedawno oszacował, że 121 dorosłych tygrysów w czterech obszarach chronionych Terai.) Pozostały tylko niewielkie obszary nizinnych trawiastych terenów kraju, a prawie wszystkie leżą w chronionych obszarach leśnych. Są one niezbędne dla kilku zagrożonych zwierząt, w tym jelenia bagiennego, większego nosorożca jednorożnego i dwóch najbardziej zagrożonych na świecie dropi, bengalskiego i mniejszego floricana.
Na drugim krańcu, w kierunku wysokich szczytów w strefie alpejskiej, gdzie żyje najmniej gatunków. Wiosną i latem alpejskie łąki mają żywy dywan kwitnących kwiatów. Kilka ssaków, takich jak bharal lub niebieskie owce i pospolite ghral (kopytny przypominający kozę i antylopę) są zależne od wysokich trawiastych terenów do wypasu. Z kolei one są żywotnym łupem rzadko widywanych i zagrożonych Pantera śnieżna (Panthera uncia), szacowana populacja Nepalu wynosi 300-400 osobników, co stanowi około 10% światowej populacji (nie licząc 600 osobników w ogrodach zoologicznych). W przeciwieństwie do ptaków, dzikie ssaki (jaanawar) są zwykle trudne do zobaczenia w Nepalu. Wiele z nich jest aktywnych tylko w nocy.